Если версия больше 6 то возможно стоит мягкое удаление документов(если в свойствах базы одно число документов, а при копировании другое), оно может удалять документы и автоматически(свойства базы последняя закладка soft deletions).
С репликами тоже может быть ситуация, когда реплицируешь часть документов, при этом остальные документы из реплики исчезают...