Call Newdoc.MakeResponse( NewRespDoc ) - эта строчка какая-то странная.
Call Newdoc.Save(False,True) - почитай про метод в хелпе. Может поможет в решении.

Call Newdoc.RemoveItem("$REF" ) - это добавлено для того, чтоб эта ошибка не возникала

Какая ошибка?

 

ага, наверное наоборот должно быть
Call NewRespdoc.MakeResponse( NewDoc )