Доброго времени суток!
Есть какой-то функционал по поиску во всех ящиках писем с определенной темой? Для последующего их удаления.

 

Встроенного функционала в Domino - нет. Надо писать агента, который будет ходить по ящикам и удалять искомые письма.
В сети, наверняка, и пример кода агента можно отыскать при желании.