толком описанную процедуру я нигде не увидел, всякие egit + дизигнер у меня восторга не вызвали.
Как сделал я:
- установил гит для винядко (хотя в моем варианте - это было излишеством) их много, взял из числа первых в гугле
- сделал clone , для примера взял интересный проект на мой взгяд
- сделал импорт в PackageExplorer

- выбрал General->Existing Project into Workspace

- связал с новой базой

 

а в конце еще лучше сделать Clean/Build проекта

 

а в конце еще лучше сделать Clean/Build проекта

у меня автоматом билд, Clean вызовет его, а так - да, для надежности