На первой вкладке форм и подформ есть галка "Do not add field names to field index", она влияет на включение имени полей в таблицу полей БД. Эта штука работает, если документ был создан по форме, которая вписана в поле "Form", и на которой включена эта галка, ну и включает подформы с также включенной этой галкой.
Чисто предположение - по логике, если галка включена, то поля нет в таблице, а раз нет, то и все остальные индексы (включая FT) не должны формироваться. Я бы сюда попробовать покопать.