Повлияет ли на работу если все правила репликации и так созданы вручную. А кластерная репликация только мешаеться...
По глупости просто все сервера объеденили в кластер.

 

Если есть конекшены репликации(а они должны быть для подстраховки кластерного репликатора),
то просто можешь остановить кластерные задачи.

А лучше выведи сервера из кластера и не мучайся