Для такой задачи писал cmd скрипт. Запускается из планировщика, но, к сожалению, задание срабатывает, только когда администратор залогинен в системе.
Как работает:
Тушит сервис Domino, копирует нужные базы в темп, архивирует при помощи 7zip, кидает в директорию с бекапами. Туда же копируется лог работы скрипта. Запускает сервис.
Настройка:
src_dir - путь до директории data
temp_path - темповая директория
backup_path - куда складывать архивы
list_file_path - путь до файла со списком директорий и баз подлежащих архивации; по дефолту лежит в директории со скриптом
cmd_7zip - путь до исполняемого файла 7zip - он используется для создания архива
archive_prefix - к названию архива будет присоединяться этот префикс
service_name - полное название windows-сервиса Domino. если Domino ставился в дефолтную папку, то менять не надо
Использовать, естественно, на свой страх и риск

Дорабатывайте на здоровье!